近年來由於線蟲的危害，使得蔬果的產量不僅難以增加，相反的，如果嚴重的情形還會造成相當程度的減產，例如一些瓜果類能造成高達30-40％的減產。而由於線蟲的抗藥性越來越強，常常造成農藥超施也難以治療，因此線蟲危害不只是有機栽培的重要障礙，也是慣行農法栽培的頭痛的課題。
(草莓芽線蟲病害植株症狀)
由於未完全腐熟的雞糞施用、土壤的過度酸化等原因，造成線蟲危害越來越嚴重。然而消費者對於有機產品的需求卻越來越高，因此如何使得溫室內能進行土耕栽培，又能避免線蟲危害，是許多農業研究人員研究的一個非常重要的項目之一。目前的幾個大方向之一即是朝向生物防治，利用一些生物之間對抗性的特點，來抑制線蟲危害，達到有機栽培的需求。
以下是幾點比較常見的防治線蟲的方法，
1. 利用蒸氣消毒土壤，來控制土壤線蟲數量。
2. 利用天然微生物製劑如放線菌及一些專一性的寄生細菌，來抑制土壤線蟲密度。
3. 使用完全腐熟堆肥來減少感染線蟲機率。
4. 使用植物萃取，利用一些植物萃取物來抑制線蟲。
5. 改善土壤性質，使線蟲不適合生存。
由於線蟲現在已經在全世界非常普遍，因此農友在栽種時需要特別注意土壤以及肥料的施用以及環境上的控管，從源頭上去抑制線蟲的生長，才是根本之道，或者透過種苗改良，栽培具有抗性的品種等方式，也可以達到減少線蟲發生時的危害。